其故事舞台设定在“私立√学园”，主角大门是一位很喜欢各种谜题的高中一年级学生。在某日，学生会长给了大门行动接收器，透过这部接收器，大门渐渐被诱导至学园的地下遗迹里。在那里，他与女友一起挑战一个“无解的谜题”，岂料这个“无解的谜题”原来是由神秘智能集团“POG(Puzzle Of God?)”所设下的“贤者的谜题”。原来，当大门把这个“谜题”解开的同时，便是他向POG挑战的开始。